Le collège catholique Saints François et Jacinthe de Fatima est né de la volonté de plusieurs parents déterminés à donner le meilleur à leurs enfants. Aidés par des professeurs et un prêtre, ils se sont regroupés en association et ont créé le collège le 29 janvier 2003. Il était installé à ses débuts au centre-ville de Lyon dans le deuxième arrondissement.

Grâce à la mobilisation des parents et l’aide de donateurs, l’association a pu acquérir les locaux actuels à Vaise en septembre 2004 et  les occuper définitivement en mars 2005.

Joli clin d’œil de la Providence, 10 ans après sa création, le 13 mai 2013, le jour de la fête de Notre Dame de Fatima, l’archevêque de Lyon, le cardinal Barbarin lui accorda le privilège de porter officiellement le titre de « Catholique » et en fit ainsi, le premier collège hors contrat de France à être reconnu par un diocèse.